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深圳国家基因库成为全球共享流感数据倡议组织(GISAID)的中国首个正式授权机构

发布日期:2020/03/16 浏览次数:

3月11日,世界卫生组织(WHO) 宣布2019冠状病毒病(COVID-19)具有全球大流行特征。3月16日,深圳国家基因库(以下简称为国家基因库)与全球共享流感数据倡议组织(GISAID)达成战略性合作。国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)成为GISAID的中国首个正式授权平台。


2008年建立的GISAID是目前全球最大的流感及新型冠状病毒数据平台。中国在抗击严重急性呼吸综合征(SARS)、甲型HIN1流感、人感染H7N9禽流感、COVID-19等疫情中发挥了重要作用。目前世界各地的研究团队正共同努力、积极开展新型冠状病毒的相关研究,包括病毒的自然史、流行病学、疫苗、诊断试剂、治疗工具等。


本次战略合作将帮助我国科研工作者获得一站式病毒数据资源访问服务和更加丰富的分析工具,也标志着我国科研机构在合规合法、保护数据生产者和提交者权利的前提下,促进全球范围新型冠状病毒及流感数据共享方面迈出重要一步。

疫情的科学防治,需要病毒数据全球共享

呼吸道传染病相关病毒数据的全球共享对于保护人类健康至关重要。特别是在疫情发生期间,快速共享病毒数据,可为评估疫情风险、启动公共卫生应对措施及制定医疗对策提供依据。


近年来全球范围内病毒引起的呼吸道传染病频发,其中2009年甲型H1N1流感导致约15.17万~57.55万人死亡,2019年COVID-19持续威胁着人类健康。3月11日,WHO宣布COVID-19已具有全球大流行(Pandemic)特征。截至北京时间3月14日17时,除中国以外的135个国家和地区报告了COVID-19确诊病例61518例,其中死亡2199例。截至3月13日,美国国家生物技术信息中心(NCBI)文献库收录的各类新型冠状病毒的研究文章已达800+篇,中国临床试验注册中心网站新型冠状病毒肺炎临床研究索引显示的注册实验已有393项。

国家基因库携手GISAID,共促病毒数据全球共享

为共同助力全球呼吸道传染病相关病毒研究,国家基因库与GISAID达成战略性合作,双方将围绕呼吸道传染病相关病毒的基因数据管理、共享、分析等方面展开全面合作,促进病毒数据的全球共享。


全球共享流感数据倡议组织(GISAID)倡导的数据共享机制在维护全球公共安全方面发挥着重要作用,通过几乎实时的监测,可快速应对和缓解季节性流感和全球大流行性流感,以及目前的新型冠状病毒全球大流行。GISAID的数据来源于全球14000名研究人员和1500个机构,其独特的数据共享机制可以促进相关研究取得快速进展,例如推动对COVID-19的认知和相关医疗对策的研发。GISAID针对新型冠状病毒开发的EpiCoV?数据库,目前已收录656条新型冠状病毒序列数据(截至3月13日),已超越传统的数据平台。同时,传统数据平台(比如公有领域的数据库)因允许匿名访问而导致数据所有者权益不受保护、数据使用不透明的问题,在GISAID的数据共享机制中不复存在。


CNGBdb-GISAID 镜像库


深圳国家基因库(China National GeneBank,CNGB)是我国首个国家级综合性基因库,也是国家重大科技基础设施之一。2011年由国家发展改革委员会、财政部、工业和信息化部、卫生健康委员会(原卫生部)四部委批复建设,并在以国家发展改革委员会和深圳市政府为联合理事长单位的理事会指导下,搭建起贯穿遗传资源“存(生物样本资源库、动植物资源活体库、生物信息数据库)、读(数字化平台)、写(基因合成与编辑平台)”能力的公益性、开放性、引领性、战略性科技平台。


在生命科学步入大数据时代的背景下,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)(了解详情)作为国内最大的生物大数据中心之一,汇集了国家基因库及全球其他重要数据源的公开数据,同时提供可信共享计算平台等多种应用工具,致力于为科研工作者提供生物大数据共享和应用服务。在本次新型冠状病毒疫情中,CNGBdb平台已经汇总了国家基因库归档及NCBI的病毒序列数据资源159条(截至3月13日),助力研究人员快速发现、检索和分析病毒。


CNGBdb作为GISAID正式授权平台,秉承GISAID数据共享理念,维护数据生产者和数据提交者的权利,为国内科技成果发布搭建便捷通道,并与GISAID共同推进全球病毒基因组序列和相关信息资源可信共享机制的建设。

全新数据服务体验,助力呼吸道传染病研究

一站式获取最全面数据信息

CNGBdb为用户提供一站式数据访问服务,将包括GISAID、NCBI和CNGB的病毒数据,并保持同步更新。即日起,用户可登陆CNGBdb病毒数据库(点击阅读原文立即访问)查看/下载新型冠状病毒数据信息。

便捷的GISAID访问

CNGBdb设立GISAID“镜像站”(https://db.cngb.org/gisaid/),以中英文两种语言为国内用户提供便捷的GISAID访问通道,全面提升访问及数据下载速度。

实时动态的数据分析


CNGBdb 基于GISAID使用的Nextstrain(实时可视化工具)开发上线了针对新冠病毒基因组的多方安全联合计算工具,推动病毒基因组数据共享,追踪病毒演化,监测新型突变。


国家基因库长期致力于建立生命资源的全球性合作网络,本次与GISAID的合作,将进一步推进全球生命大数据资源可信共享机制的建设,为各国共同应对全球健康挑战、共建人类命运共同体做出贡献。


参考资料:

1. https://www.who.int/

2.《柳叶刀-传染病》:甲型H1N1流感致死人数远高此前估计[J]. 现代生物医学进展, 2012, 12(32):I0002-I0002.

3.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

4.http://www.chictr.org.cn/index.aspx

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